用Seaborn,一行代码看穿你的数据集

翻译自官方文档:Visualizing the distribution of a dataset
完整项目可移步科赛,一键fork运行

之前看其他大佬的项目,只在意他们通过对可视化图片,对数据特征挖掘的思路,没有在意他们做可视化的工具。轮到自己做的时候就发现,wtf?matplotlib可以更难用一点嘛?别人酷酷的,坐标轴上还有直方图的是怎么画的?

今天碰到了seaborn的库,一行代码就出图,爱了!

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一般做一个新的项目的时候,都要先了解数据,一方面是了解数据的分布情况,另一方面是观察维度间的关系(是否有正/负相关),本文会介绍seaborn中用于可视化单变量和双变量分布的一些函数。

单变量可视化


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#导入库
import numpy as np
import pandas as pd
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy import stats

sns.set(color_codes=True)

单变量可视化

查看seaborn中的单变量分布的最便捷方法是distplot()函数。 默认情况下,将绘制直方图并拟合核密度估计(KDE, kernel density estimate)。


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sns.distplot(x)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图

直方图

直方图将数据分成bin(s),然后绘制条形以显示落在每个bin中的数据数量,来表示数据的分布。

为了说明这一点,可以删除密度曲线并添加一个地毯图,该图在每次观察时都会绘制一个小的垂直刻度。 您可以使用rugplot()函数制作地毯图,也可以在distplot()中使用它。


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sns.distplot(x, kde=False, rug=True)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图1

绘制直方图时,主要的选择是bin的数量以及放置它们的位置。distplot()会为你自动选择参数,但是尝试更多或更少的bin可能会揭示数据的其他特征。


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sns.distplot(x, bins=20, kde=False, rug=True)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图2

核密度估计

核密度估计是绘制分布形状的一个有用的工具。像直方图一样,KDE根据一个轴上数据的密度,在另一个轴上显示高度。


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sns.distplot(x, hist=False, rug=True)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图3

与绘制直方图相比,绘制KDE的计算量更大。它的计算过程是,每个观察值首先被以该值为中心的高斯曲线代替。


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x = np.random.normal(0, 1, size=30)
bandwidth = 1.06 * x.std() * x.size ** (-1 / 5.)
support = np.linspace(-4, 4, 200)

kernels = []
for x_i in x:

    kernel = stats.norm(x_i, bandwidth).pdf(support)
    kernels.append(kernel)
    plt.plot(support, kernel, color="r")

sns.rugplot(x, color=".2", linewidth=3);
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图4

接下来,将这些曲线求和,以计算每个点的密度值。然后将结果曲线归一化,以使其下方的面积等于1。


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from scipy.integrate import trapz
density = np.sum(kernels, axis=0)
density /= trapz(density, support)
plt.plot(support, density)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图5

如果在seaborn中使用kdeplot()函数,可以得到相同的曲线。但distplot()为查看数据密度估计提供了更直接、便利的方法。


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sns.kdeplot(x, shade=True)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图6

KDE的带宽(bw)参数控制估算值与数据拟合的紧密程度,非常类似于直方图中的bin大小。它对应上面绘制的内核的宽度。默认值使用的是通用规则,但是尝试更大或更小的值可能会有所帮助。


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sns.kdeplot(x)
sns.kdeplot(x, bw=.2, label="bw: 0.2")
sns.kdeplot(x, bw=2, label="bw: 2")
plt.legend();
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图7

在上图中,bw=2时,估算超出了数据集中的最大和最小值。可以控制通过cut参数绘制曲线的极限值有多远。但是,这只会影响曲线的绘制方式,而不会影响其拟合方式。


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sns.kdeplot(x, shade=True, cut=0)
sns.rugplot(x)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图8

拟合参数分布

你还可以使用distplot()将参数分布拟合到数据集,并直观地评估其与观察到的数据的对应程度。


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x = np.random.gamma(6, size=200)
sns.distplot(x, kde=False, fit=stats.gamma)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图9

双变量分布可视化

在seaborn中可视化双变量的方法是jointplot()函数,该函数创建一个多面板图形,该图形同时显示两个变量之间的双变量(或联合)关系以及每个变量的单变量分布。


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mean, cov = [0, 1], [(1, .5), (.5, 1)]
data = np.random.multivariate_normal(mean, cov, 200)
df = pd.DataFrame(data, columns=["x", "y"])

散点图

可视化双变量分布的最常用的方法是散点图,和matplotlib plt.scatter类似。


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sns.jointplot(x="x", y="y", data=df)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图10

六边形图

双变量的直方图叫“六边形”图,因为它显示了落在六边形箱中的观测值。该图适用于相对较大的数据集。可通过matplotlib plt.hexbin函数使用,也可以在jointplot()中作为样式使用。


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x, y = np.random.multivariate_normal(mean, cov, 1000).T
sns.jointplot(x=x, y=y, kind="hex")
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图11

核密度估计

对于双变量也可以进行核密度估计。


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sns.jointplot(x="x", y="y", data=df, kind="kde")
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图12

你还可以使用kdeplot()函数绘制二维内核密度图,将密度图绘制到特定的(可能已经存在的)matplotlib上


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f, ax = plt.subplots(figsize=(6, 6))
sns.kdeplot(df.x, df.y, ax=ax)
sns.rugplot(df.x, color="g", ax=ax)
sns.rugplot(df.y, vertical=True, ax=ax)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图13

如果你希望更连续地显示双变量密度,则可以增加轮廓级别的数量


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f, ax = plt.subplots(figsize=(6, 6))
cmap = sns.cubehelix_palette(as_cmap=True, dark=0, light=1, reverse=True)
sns.kdeplot(df.x, df.y, cmap=cmap, n_levels=60, shade=True)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图14

jointplot()函数使用JointGrid来管理图形,您可以直接使用JointGrid绘制图形。jointplot()在绘制后返回JointGrid对象,你可以使用该对象添加更多层或调整可视化的其他属性。


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g = sns.jointplot(x="x", y="y", data=df, kind="kde", color="m")
g.plot_joint(plt.scatter, c="w", s=30, linewidth=1, marker="+")
g.ax_joint.collections[0].set_alpha(0)
g.set_axis_labels("$X$", "$Y$")
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图15

多变量数据可视化

要在多变量数据集中绘制成对的双变量分布,可以使用pairplot()函数。这将创建轴矩阵,并显示DataFrame中每列的关系。默认情况下,它还会在对角轴上绘制每个变量的单变量分布。


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iris = sns.load_dataset("iris")
sns.pairplot(iris)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图16

pairplot()函数非常类似于jointplot()和JointGrid之间的关系,它建立在PairGrid对象之上,使他具有更高的灵活性。


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g = sns.PairGrid(iris)
g.map_diag(sns.kdeplot)
g.map_offdiag(sns.kdeplot, n_levels=6)
用Seaborn,一行代码看穿你的数据集插图17

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